Trung tâm sẽ hoạt động như là một cơ quan đầu mối về ngành thủy sản cho các nước LDCs ở Châu Phi và Châu Á với mục tiêu: Xây dựng năng lực cho ngành thủy sản cho các nước LDCs và các tiểu quốc đảo đang phát triển (SIDs) ở Châu Phi và Châu Á; Cho phép các chuyên gia và học viên từ một số nước LDCs thuộc châu Phi và châu Á áp dụng những kinh nghiệm thành công của Việt Nam trong việc phát triển ngành thủy sản; Tạo điều kiện xây dựng năng lực quản lý và thể chế cho các nước LDCs và SIDs đáp ứng các tiêu chuẩn quốc tế về chất lượng và an toàn thực phẩm; Giúp các nhà hoạch định chính sách và lãnh đạo từ các nước LDCs ở Châu Phi và Châu Á tham khảo năng lực nghiên cứu phát triển ngành thủy sản của Việt Nam; Thúc đẩy trao đổi kinh nghiệm, thực tiễn và kiến thức giữa các nhà hoạch định chính sách và các chuyên gia từ một số nước LDCs và SIDs.